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去美国看病 生物信息模型提高了数据效率

发布日期:2018-03-05

一项对于某重要药物基因覆盖率的研究,比较了Affymetrix测序和Illumina测序的性能表现范围,结果发现Affymetrix6.0测序的覆盖率高。去美国看病服务机构爱诺美康介绍,这些结果有助于了解这些测序方法,在检测已知的功能变异,药物临床反应之间关联方面的局限性。

特定位点片段扩增测序(SLAF-seq),大量人口的全基因组测序成本仍然过高,并且高人口规模极大地影响了相关研究的准确性。因此,低成本而高效的高通量SNP基因测序技术大受推广,比如SLAF-seq。去美国看病后,此技术不像其他NGS技术一样,需要复杂的高质量参照基因组文库,而是使用精简表示库(RRL)。

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因此,该方法不需要参照基因组序列和多态性信息,而使用条形码多重测序同时对多个基因位点进行基因分型。它将基因位置特异性扩增和高通量测序相结合,用于从头检测SNP。去美国看病后,这种技术使用的一个生物信息统计学模型,提高了随后基于测序数据对特定位点,进行扩增时选择DNA片段的效率。这些DNA片段包含随机测序的细菌染色体序列,和序列基因组草图。双条码系统能对约10000个样品进行分别标记。

去美国看病服务机构爱诺美康介绍,一项使用水稻和大豆基因组,对SLAF-seq测试效率的研究,证实它的测序结果非常精确,并且得到的遗传图谱的密度,比现阶段任何其他测序方法都高。同样的研究只使用了55个双条码系统,就完成了211个鲤鱼样本的测序。该研究还发现,与Affymetrix测序和GoldenGate测序相比,SLAF-seq测序高效、准确并且减少了重复。因此,SLAF-seq测序是一项低成本、大规模的基因分型技术,在基因相关研究领域中有重要作用。

直到20世纪90年代初,DNA测序一直依赖这项技术。该技术执行包括模板变性、引物退火和引物延伸在内的“循环测序反应”,其对目的片段进行简单放大。去美国看病后,每一轮引物的延伸,均由带有荧光标记的cldNTP识别扩展核苛酸后终止。

经过30年的工艺改进,Sanger测序法的读长已可达1000个碱基对,精确度高达99.99%,而且每kb成本降至$0.50。去美国看病后,NGS技术发展使得对基因组的分析,变得生产成本更低、价格低廉,并且得以普遍应用,从而大大促进了相关生物医学和生物学的研究。