安德森癌症中心 很多癌症由DNA改变引起
发布日期:2018-02-14海外测序技术,也被称为单分子测序系统。该平台包括两个流动池,可在其表面捕捉数十亿个DNA分子。由随机片段和poly-A尾制备的DNA模板,被杂交至反应池表面的poly-T引物所捕获,从而产生一个单分子测序模板芯片。安德森癌症中心转诊后,加入荧光标记的单种dNTP和DNA聚合酶,从而使得杂交模板链,以模板依赖的方式延长。未结合的dNTP会被洗脱,随后会进行成像,去除荧光基团,之后是延伸和成像循环。
几百个单一碱基延伸循环过后,可实现平均读长為25bp。该系统的显著特征包括与平台测序相似的以序列,依赖方式进行的非同测序方法。因此,标记的核苷酸没有末端部分,并且同聚体运行的问题,可以通过限制结合的速率来解决。此外,安德森癌症中心转诊标记的核苷酸上均聚物连续结合,可产生荧光淬灭反应,从而导致一些碱基序列很难被鉴别。
通过检测在合成过程中,掺入的核苷酸释放的质子,离子激流系统可控制半导体技术的力量。该技术区别于其他测序技术的一个特点,它是通过测量pH值,而不是通过感光来检测聚合的。其文库制备过程类似于测序系统,零散的DNA片段被链接到特定的接头序列,并且一个单一DNA模板被固定到珠子(离子球体粒子)上,并通过使用油包水PCR方法克隆扩增。
被装载到芯片上,含有dNTP的溶液,以预定的顺序流过这些珠子表面,安德森癌症中心转诊后,在每次流动过程中没有或者有多个dNTP与磁珠结合。然而测序系统可以顺序引入4个核苷酸,而离子激流技术可以引入32个核苷酸。这个被称为桑巴的复杂的流动周期,提高了克隆模板在珠子上的同步性,但并未对读长进行优化。单个核苷酸的质子释放,会降低周围溶液的PH值,从而可以通过离子传感器,来测得并转换成流量值。Base-caller可纠正这些流量值和信号损失,并将关键码标准化。
安德森癌症中心转诊机构爱诺美康介绍到,癌症是一种基因疾病,并且所有癌症的发生都是由于DNA的改变引起。一个起始核苷酸的改变,不是天生的(胚系突变)就是在细胞复制中出现的(体细胞突变),它是进一步导致核苷酸序列发生改变的基础,并终使变化的细胞获得生长优势。
这些改变允许细胞打破对调控生长和分化,至关重要的制约与平衡。临床对癌症的处理通常是依据肿瘤组织来源,和病理学特征进行的。此外,安德森癌症中心转诊后,许多基因组的变化导致蛋白表达的改变,其可用免疫组化方法检测,从而提供诊断和预后价值,比如,曲妥珠单抗用于HER-2过表达的乳腺癌。