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肺癌治疗 靶向基因改变时不能延伸测序

通常，多重基因突变法，由多重PCR和一个单碱基延伸测序反应组成，后者中等位基因特异性探针，由双脱氧核苷酸（ddNTP）荧光标记，用以检测基因组中感兴趣的位点。每个探针上不同延伸长度的引物，通过电泳和自动DNA测序进行分辨。肺癌转诊治疗机构爱诺美康介绍，一旦片段大小确定下来，就可以通过探针的分子量和ddNTP突光标记的颜色，判别每个位置特定的核苷酸。

总体而言，对于现今的分子病理学实验室，这一相对简单的方法有几个明显的优势：大多数现代临床实验室，已经拥有所需要的专业知识和基础设施，无需再投人成千上万美元购置高科技仪器；肺癌转诊治疗用该方法是高度敏感的，可以很好地用FFPE组织中提取的核酸完成实验；由于SNaPshot技术的多重性特征，组织要求以及成本都很低；这个系统是模块化的，可以纳入更多的反应分子预测物。

肺癌转诊治疗机构爱诺美康介绍，在当前的配置中，斯坦福大学分子病理学实验室 的基因分型平台“癌症体细胞突变组合"（CSMP），由SNaPshot、片段大小检测和Sanger测序组成，检测16个关键癌症基因中超过140个常见突变位点。CSMP包括9个SNaPshot组合，每个都具有6~8个多重检测以测定单核苷酸改变。

由于SNaPshot技术的一个缺点是，只能检测单核苷酸变化，而不能检测更大的基因组插入缺失，因此增加了一个单独的毛细管电泳片段分析，以检测多种常见长度的突变。肺癌转诊治疗机构爱诺美康介绍，SNaPshot技术的第二个缺陷是，当靶基因中含有大量临床相关的核酸改变时，在常规癌症诊断中，就不能采用SNaPshot单碱基延伸靶向测序。

这样的一个例子是RNA剪接亚基基因，其在15号外显子具有多个热突变位点。因此，我们开发出了一种SangerDNA测序，靶向测定15号外显子，并且作为CSMP的一部分，肺癌转诊治疗可应用于所有的样本。

初，斯坦福实验室的CSMP涵盖了FDA批准的临床治疗靶点，或临床实验正在进行的治疗靶点。但是，肺癌转诊治疗利用该平台的灵活性，把医学文献报道的、经临床证实后的新基因突变在几个月内添加到组合中。

肺癌转诊治疗机构爱诺美康介绍，基因就是这样一个例子，重要的是，虽然CSMP中包含的突变可用于指导临床决策，但这些突变的完整临床意义仍在不断扩展中。因此，与经治医师讨论癌症基因谱检测中的多种靶点，及其临床中的意义，是一个实验室长期应有的责任。