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出国看病 基因测序可避免DNA标记差错

临床遗传学方面，RNA和DNA的研究，及高通量检测技术的进步，和表观基因组的研究都得以普遍应用。微阵列已经被传统地应用于表观遗传学变化的探究，鉴于检测费用负担得了，以及已建立了成熟的生物信息分析路径，使其显得尤其有吸引力。目前，出国看病发展了多种甲基化检测方法，包括亚硫酸氢盐转化、甲基化敏感的限制性酶切消化，和亲和层析方法等。

亚硫酸氢盐转化方法，是通过用亚硫酸氢钠处理基因组DNA，使非甲基化的胞嘧啶转化为尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不会变化。然后，PCR扩增则用胸腺嘧啶替换尿嘧啶，继而扩增的DNA就能够用焦磷酸测序法、Sanger测序法或者珠阵列进行分析，为研究甲基化的多态性，基因组DNA要先经亚硫酸氢盐处理，然后杂交于Illumina珠阵列。出国看病后，处理过的DNA用mumimi珠阵列标记上两对引物，一条引物标记非甲基化片段，另外一条标记甲基化的片段。

出国看病研究的大样本中，已知甲基化位点的甲基化多态性是好的。它提供了胞嘧啶甲基化的定量测定。然而，相比于其他阵列技术，它覆盖范围比较小，并且在评估和设计不同的标记引物方面，问题更复杂，需要的知识更专业。

所以，若从整个基因组层面获取信息，则二代测序技术可以用来研究小的或大的基因组。出国看病对于NGS的一个优点，就是可以直接测序，因此可以减轻劳动强度，且避免易出现差错的PCR扩增和DNA标记，读取数可以用于甲基化序列含量的测定。不同于以阵列为基础的技术，NGS技术不需要预知的信息，而且在NGS数据中，也不大可能会出现杂交引起的偏倚。

研究DNA甲基化的另一种技术，为甲基化敏感的限制性内切酶富集（MSRE），样本首先用一系列的限制性内切酶进行消化，这些酶可以剪切甲基化片段或非甲基化片段。因此，出国看病在PCR扩增之后，富集了还没有被限制性内切酶剪切的DNA片段。这些被富集的片段，可以使用阵列或者NGS方法分析，甲基化的DNA序列也可以通过亲和层析方法进行富集。这种方法是用5-甲基胞嘧啶特异的抗体，标记并免疫沉淀甲基化的DNAm461。与MSRE类似，MeDIP富集的DNA可以用微阵列和NGS方法分析。

出国看病服务机构爱诺美康介绍到，美国提供了含有25bP长度探针的平铺阵列，这些阵列都是单通道阵列，并且来自一个样本的DNA杂交于一个阵列。这种类型的阵列有很高的特异性，但敏感性低且噪音高。每一个样本杂交于一个阵列，标准化后可以在不同的阵列之间进行比较。两个样本可以由不同的荧光染料标记，并杂交于相同的阵列。与短的寡核苷酸阵列相比，这些使用长探针的阵列具有更高的敏感性，选择用哪种阵列都需要考虑。