专家正从癌症研究丢弃的数据中发掘潜在策略
发布日期：2022-12-16近年来，癌症研究取得了显著进步，这主要归功于下一代测序（NGS）技术。因此，产生了大量的基因组和转录组数据。在大多数情况下，研究目标所需的数据被使用，不需要的读取被丢弃。然而，这些消除的数据包含相关信息。为了验证这一假设，研究人员从公共数据集获取了基因组和转录组数据。
在《肿瘤学》杂志上发表的一项新的研究视角中，北里奥格兰德州联邦大学Metrópole Digital研究所和巴黎联邦大学Núcleo de Pesquias em Oncologia和Ciências Biológicas研究所的研究人员使用了宏基因组工具来探索基因组癌症数据；使用额外的注释来探索miRNA实验中差异表达的ncRNA，还研究了RNA-seq实验中邻近肿瘤样本中的变体。
研究人员表示：“在这里，我们展示了从高通量癌症调查中获得的非目标信息中获益的潜在策略。”在所有分析中，都获得了新的数据：从DNA序列数据中，微生物组分类具有类似的专用宏基因组研究性能；从miRNA seq数据中，发现了其他差异表达的sncRNA；在肿瘤和邻近肿瘤组织数据中，发现了体细胞变异。
这些发现表明，来自NGS实验的未探索数据可以帮助阐明致癌作用，并发现具有临床应用的推定生物标志物。实验设计应考虑进一步的研究，提供优化数据的机会，节省时间和资源，同时允许从同一样本和实验运行中获得多个基因组视角。
研究人员总结道：“总之，我们的结果加强了这样一个假设，即可以从NGS中提取大量额外的和潜在有用的信息。此外，对每一个可用信息的综合调查应该为每个实验的分子场景提供更广泛、更稳健的解释。”
