海外专家发现完整的肺鳞状细胞癌分子图
发布日期：2021-08-28在美国和世界范围内，肺癌仍然是癌症相关死亡的主要原因。肺腺癌（LUAD）亚型患者已从新靶向药物的开发中受益，但为另一种称为肺鳞状细胞癌（LSCC）的亚型寻找有效的新疗法却在很大程度上失败了。
为了更多地了解LSCC的生物学基础，由麻省理工学院和哈佛大学博德研究所和美国国家癌症研究所临床蛋白质组学肿瘤分析联盟（CPTAC）的研究人员领导的团队，包括贝勒医学院的合作者，开发了更大的和迄今为止更全面的LSCC分子图谱。
他们在Cell中描述的努力将蛋白质组学、转录组学和基因组数据整合到LSCC的详细“蛋白质基因组学”视图中。对这些数据的分析，揭示了潜在的新药物靶点、可能有助于癌症逃避免疫疗法的免疫调节途径，甚至是一种新的LSCC分子亚型。
“肺鳞状细胞癌患者的治疗选择非常有限，即使在了解这种疾病方面取得了一定的成功，也可能会改变人们的生活，”博德研究所蛋白质组学团队的组长ShankhaSatpathy说。
“我们希望研究界，从基础科学家到执业肿瘤学家，将利用这一新资源来检验假设，刺激进一步研究，并为临床试验设计开辟新的数据驱动途径，从长远来看，这可以使患者受益。”
有针对性的机会，在他们的研究中，该团队在治疗前分析了108个肿瘤的DNA、RNA、蛋白质和翻译后蛋白质修饰（PTM，即磷酸化、乙酰化和泛素化），并将它们与正常组织进行了比较。在他们看到开发新LSCC治疗方法的机会中，研究人员将基因NSD3确定为携带额外FGFR1拷贝的肿瘤的可能靶标，FGFR1是另一种经常在LSCC中复制或扩增的基因。之前的努力尝试直接针对FGFR1，但未成功。
该团队的蛋白质组学研究结果表明，NSD3可能是这些肿瘤中肿瘤生长和存活的关键驱动因素，使其成为潜在的治疗靶点。
他们还注意到，一部分患者的肿瘤表现出p63低表达但survivin高表达，survivin是一种调节细胞增殖和细胞死亡的蛋白质，是其他肿瘤类型临床试验的目标。此外，该团队的数据表明，由转录因子SOX2过表达驱动的肿瘤可能容易受到针对染色质修饰剂（如LSD1和EZH2）的治疗。SOX2本身通常被认为是“不可成药”的目标；该团队的观察指出了开发治疗性变通方法的机会。
“蛋白质组学和PTM数据，帮助我们了解基因组的功能影响，”布罗德蛋白质组学高级组组长、马萨诸塞州综合医院肺部和重症监护医学主治医师、共同资深作者迈克尔吉列解释说与史蒂文卡尔和布罗德博士玛尼以及贝勒的张兵的研究。“了解哪些蛋白质水平受拷贝数改变的影响，以及突变如何影响蛋白质表达和通路活性，可以更深入地了解癌症生物学。
